{2011년, 한 바이러스가 세계 인구의 99%를 죽음으로 몰아 넣었다. 트레버 굿차일드(Trevor Goodchild)란 과학자가 치료법을 개발해 내었고 살아남은 5백만명은 지구상의 마지막 도시인 브레그나에 거주하였다. 굿차일드의 지배는 400년 동안이나 계속되었다. 굿차일드의 정권에 대항하는 반역자들이 출현하기 시작했다.}  2011년, 바이러스에 의해 지구 인구 99%가 사망하고, 과학자 "트레버 굿차일드"가 개발한 백신으로 생존한 5백만 명만이 그가 건설한 도시 "브레그나"에서 삶을 지속한다. 이후 굿차일드 가문이 인공도시 브레그나를 지배한지 어느덧 4백년이 흐른 2415년.  완벽한 사회이자 최고의 인류문명을 구현한 도시라 일컬어지는 "브레그나"에도 어두운 그늘이 존재한다. 언제부턴가 사람들이 하나 둘씩 쥐도 새도 모르게 사라지고 있지만, 정부는 이를 조직적으로 은폐하고, 대부분의 시민들은 그런 정부를 묵인하며 살고 있다. 하지만 한편에서는 "브레그나"에 감춰진 음모와 모순에 저항하는 자들도 늘어난다. "모니칸"이라 불리는 이 저항군은 계속 세력을 키워 어느덧 정부에 대항할 힘을 갖추고, 마침내 굿차일드 정권을 와해시킬 계획을 세운다. 그 첫 단계는 모니칸 최고의 전사인 "이온 플럭스"를 정부 요새에 침투시켜 최고의장인 트레버 굿차일드를 암살하는 것.  그러나 임무를 맡은 이온은 막상 트레버와 마주친 순간, 그에게 알 수 없는 친숙한 감정을 느끼게 되고 암살에 실패한다. 트레버는 이온 자신보다 그녀에 대해 더 많은 것을 알고 있었다. 이온은 트레버를 통해 "브레그나"의 치명적 결함을 알게 되는데......